隨著澳門社會逐漸發展,「市牢」早已出現人滿為患及不敷使用的情況,各項設施亦漸見殘舊。因此,澳門政府遂於一九八八年,決定在原路環青年監獄旁邊的廣興泰炮竹廠舊址,興建一座名為「路環監獄」的新監獄。「路環監獄」於一九九零年竣工並投入使用。一九九九年十二月二十日,澳門回歸當日,「路環監獄」正式更名 為「澳門監獄」,並由原來隸屬司法事務司改由保安司管轄。
於二零一六年一月一日,澳門監獄與原隸屬法務局的少年感化院經職能重組,成立懲教管理局。