少年感化院設有男童區及女童區，兩區各自獨立運作，並分別設有觀察中心、教導中心及教管訓練中心。感化院會因應法官的判決，安排入院的青少年到不同的中心，並按法律的規定提供相對應的輔導與教育之安排。

觀察中心是接收法官命令須在院舍接受觀察的青少年，以及法院未能即時判決，但又須暫時安置於院舍的青少年。觀察期一般不超過20天，最多可延長10天。

教導中心主要收容對象為首次被採用收容措施的青少年，收容期為1至3年。在教導中心內，青少年會接受規律性的生活訓練、正規的學習課程、技能訓練及輔導教育。

教管訓練中心是收容觸犯嚴重罪行、於感化院收容期間或離院後再犯案，以及在收容中心違反紀律制度的青少年。收容期一般為1至3年，但觸犯嚴重罪行者，收容期則為3至5年。在教管訓練中心內，青少年會接受紀律訓練、學習活動、職業培訓及輔導教育。